WPFという選択肢
さて、ここまでWinFormsで色々載せておきながら、半透明や見た目がリッチなアプリを簡単に作る方法があります。それがWPFです。
WPFのコントロールだと、Opacity指定するだけで、こんな簡単に半透明化出来ちゃいます。WPFは、Windows標準のコントロールではなく、独自でコントロールの描画を行っているので可能なのだと思います。(Spy++等でWPFアプリを確認すると判りますが、WPFのコントロールはWindowハンドルを持っていません)
ただ、フォームのデザインはxamlになり、イベント処理などもWinFormsとは若干違っているので、既存のWinFormsの資産の流用は難しいので、その辺が中々つらいところではあります。新規で見た目が凝ったアプリ作りたい場合は、一考の余地があるかもしれません。